Gracias a su extraordinaria diversidad biológica y fisiográfica, a su infraestructura científica, a su estabilidad política y al fuerte apoyo social hacia la educación y la conservación, Costa Rica ofrece excelentes oportunidades para realizar investigación.

La OET propicia y facilita la investigación de varias maneras. Muchos científicos cuentan con el apoyo logístico de la organización para desarrollar proyectos independientes en las estaciones biológicas de la OET o en uno de los muchos parques o áreas protegidas. En algunos proyectos grandes a nivel de ecosistemas, la OET está involucrada activamente en la formación de equipos de colaboración científica local e internacional. Cuando los proyectos requieren de un compromiso a largo plazo, la OET es, generalmente, el encargado financiero y administrativo.

Para facilitar la investigación, la OET mantiene tres estaciones biológicas en Costa Rica: Estación Biológica La Selva, bosque húmedo tropical en las tierras bajas del Caribe del norte de Costa Rica; Estación Biológica Las Cruces y Jardín Botánico Wilson, bosque húmedo premontano en la vertiente pacífica del sureste de Costa Rica; y, Estación Biológica Palo Verde, bosque seco deciduo en la planicie costera del Pacífico Norte de Costa Rica.

La OET ofrece un número limitado de becas, disponibles para estudiantes de posgrado (y hay una disponible para otros niveles) que desean realizar sus investigaciones de tesis en las estaciones de la Organización.